Halaman utama Jelajahi Bantuan
Masuk
XuMengJie
/
agv_navigation_ws
1
0
Fork 0
Berkas Masalah 0 Tarik Permintaan 0 Wiki
Pohon: e057be831f
Ranting Tag
agv_navigati...
/
fast_gicp
/
thirdparty
/
nvbio
/
contrib
/
htslib
Mj23366 e057be831f first commit 1 tahun lalu
..
cram e057be831f first commit 1 tahun lalu
htslib e057be831f first commit 1 tahun lalu
.cproject e057be831f first commit 1 tahun lalu
.project e057be831f first commit 1 tahun lalu
.travis.yml e057be831f first commit 1 tahun lalu
CMakeLists.txt e057be831f first commit 1 tahun lalu
Makefile e057be831f first commit 1 tahun lalu
README.md e057be831f first commit 1 tahun lalu
README.nvbio e057be831f first commit 1 tahun lalu
bgzf.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
bgzip.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
config.h e057be831f first commit 1 tahun lalu
faidx.5 e057be831f first commit 1 tahun lalu
faidx.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
hfile.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
hfile_internal.h e057be831f first commit 1 tahun lalu
hfile_net.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
hts.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
htslib.mk e057be831f first commit 1 tahun lalu
htslib_vars.mk e057be831f first commit 1 tahun lalu
kfunc.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
knetfile.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
kstring.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
sam.5 e057be831f first commit 1 tahun lalu
sam.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
synced_bcf_reader.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
tabix.1 e057be831f first commit 1 tahun lalu
tabix.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
tbx.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
vcf.5 e057be831f first commit 1 tahun lalu
vcf.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
vcf_sweep.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
vcfutils.c e057be831f first commit 1 tahun lalu
version.h e057be831f first commit 1 tahun lalu

README.md

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM, CRAM and VCF, used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM index, with file extension .csi (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This project also includes the popular tabix indexer, which indexes both .tbi and .csi formats, and the bgzip compression utility.